新的基于云的存儲(chǔ)庫(kù)創(chuàng)建了工程微生物的數(shù)字指紋

創(chuàng)建工程微生物數(shù)字指紋的基于云的存儲(chǔ)庫(kù)已成功試用。

由紐卡斯?fàn)柎髮W(xué)領(lǐng)導(dǎo)的一個(gè)國(guó)際團(tuán)隊(duì)推出了 CellRepo，這是一個(gè)物種和菌株數(shù)據(jù)庫(kù)，它使用細(xì)胞條形碼來(lái)監(jiān)測(cè)和跟蹤工程生物。該數(shù)據(jù)庫(kù)在《自然通訊》雜志的一項(xiàng)新研究中報(bào)道，該數(shù)據(jù)庫(kù)跟蹤和組織細(xì)胞工程過(guò)程中產(chǎn)生的數(shù)字?jǐn)?shù)據(jù)。它還將這些數(shù)據(jù)與相關(guān)的活體樣本進(jìn)行分子鏈接。

該資源可在全球范圍內(nèi)使用，支持國(guó)際合作并具有顯著的安全優(yōu)勢(shì)，例如通過(guò)更快地追蹤生物實(shí)驗(yàn)室的起源和設(shè)計(jì)細(xì)節(jié)來(lái)限制故意或意外釋放的轉(zhuǎn)基因微生物的影響。

CellRepo 建立在版本控制之上，這是一個(gè)來(lái)自軟件工程的概念，用于記錄和跟蹤軟件代碼的更改?？茖W(xué)家們認(rèn)為，細(xì)胞工程的版本控制將使工程生物學(xué)更加開放、可重復(fù)、更易于追蹤和共享，并且更值得信賴。

研究團(tuán)隊(duì)強(qiáng)調(diào)了這種社區(qū)資源的其他好處，例如可追溯性——為菌株提供準(zhǔn)確的文件并正確地記入實(shí)驗(yàn)室工作。該數(shù)據(jù)庫(kù)還通過(guò)更容易跟蹤和分配所有權(quán)來(lái)將責(zé)任放在焦點(diǎn)上。

通過(guò)訪問(wèn)全球數(shù)據(jù)庫(kù)，研究人員將能夠更輕松地重現(xiàn)結(jié)果并進(jìn)行協(xié)作。科學(xué)家們還認(rèn)為，存儲(chǔ)庫(kù)將提高透明度并降低與數(shù)據(jù)和??源代碼丟失相關(guān)的成本。

主要作者，紐卡斯?fàn)柎髮W(xué)計(jì)算機(jī)科學(xué)與合成生物學(xué)教授 Natalio Krasnogor 說(shuō)：“工程生物學(xué)不是火箭科學(xué)。它要困難得多。因此，我們必須更加公開地去做。 CellRepo 的核心是一個(gè)協(xié)作平臺(tái)，細(xì)胞工程師可以在其中記錄他們的工作并與他人(在他們自己的實(shí)驗(yàn)室或更廣泛地)共享。通過(guò)實(shí)現(xiàn)更多的協(xié)作和無(wú)縫共享工程菌株，我們希望為每個(gè)人加速和改進(jìn)合成生物學(xué)過(guò)程和報(bào)告。CellRepo 是一個(gè)社區(qū)資源，因此我們邀請(qǐng)工程生物學(xué)家、合成生物學(xué)家、生物技術(shù)專家和生命科學(xué)家更普遍地嘗試它并與我們?nèi)〉寐?lián)系，以便我們知道什么有效，什么需要改進(jìn)!”

在我的項(xiàng)目中，我總是遇到一些錯(cuò)誤識(shí)別問(wèn)題。幸運(yùn)的是，我能夠盡早找到它們并解決它們，但我無(wú)法想象有多少好的項(xiàng)目因此而失敗或停滯不前。作為一名生物學(xué)家，我的其他一些時(shí)間用于追溯構(gòu)建我使用的質(zhì)粒和菌株的歷史。我可能會(huì)從某人那里獲得遺傳材料，但原作者是誰(shuí)?有時(shí)我很幸運(yùn)，它只是一張紙，有時(shí)它可能會(huì)在 80 年代結(jié)束。CellRepo 為實(shí)驗(yàn)者解決了這些和其他重要問(wèn)題。"

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