病毒測(cè)序可以揭示SARSCoV2如何傳播和進(jìn)化
2021-11-08 11:56:42
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埃默里大學(xué)生物學(xué)副教授卡蒂亞科勒(Katia Koelle)表示，新型病毒變種的出現(xiàn)增加了對(duì)抗新冠的波折，表明需要對(duì)該病毒進(jìn)行更好的基因組監(jiān)測(cè)。
科爾說：“新型基因組跨州監(jiān)測(cè)的改進(jìn)將真正幫助我們更好地了解大流行病毒在美國的發(fā)展和傳播?！薄靶枰嗟穆?lián)邦資金和集中的樣本收集和基因測(cè)序標(biāo)準(zhǔn)。研究人員需要訪問這樣的元數(shù)據(jù)，以便更好地跟蹤病毒的地理傳播，并識(shí)別任何可能難以控制的新變種，以便衛(wèi)生官員能夠更快、更有效地做出反應(yīng)。”
Koelle研究了病毒進(jìn)化和病毒傳染病流行病學(xué)傳播之間的相互作用。她是剛剛發(fā)表在《觀點(diǎn)》雜志上的文章《科學(xué)》的資深作者，這篇文章講述了對(duì)新型-2進(jìn)行測(cè)序以控制新冠大流行的重要性。
邁克爾馬丁是埃默里大學(xué)人口、生物學(xué)和生態(tài)規(guī)劃專業(yè)的博士生，科勒實(shí)驗(yàn)室成員，《科學(xué)》雜志第一作者。大衛(wèi)凡尼斯伯格是科勒實(shí)驗(yàn)室的博士后研究員，也是這本書的合著者。
馬丁說：“對(duì)新型的研究一直在以閃電般的速度進(jìn)行。”“這種加速為我們提供了迄今為止最快的疾病數(shù)據(jù)集之一。到目前為止，我們已經(jīng)了解了很多關(guān)于這種病毒如何傳播和適應(yīng)的知識(shí)，但我們?nèi)杂性S多盲點(diǎn)需要解決?！?
本文總結(jié)了對(duì)新型的關(guān)鍵見解，這些見解是通過對(duì)每個(gè)患者樣本的基因組測(cè)序獲得的。它還列出了剩余的挑戰(zhàn)，包括收集元數(shù)據(jù)并將其整合到遺傳分析中，以及需要為成千上萬個(gè)基因組開發(fā)更有效和可擴(kuò)展的計(jì)算方法。
基因組是生物體的遺傳物質(zhì)。人類基因組由雙鏈DNA組成，由四個(gè)不同的核苷酸堿基字母編碼。人類基因組由30多億個(gè)堿基對(duì)組成。相反，包括新型在內(nèi)的的基因組是由核糖核酸組成的，其結(jié)構(gòu)比脫氧核糖核酸簡單。例如，新型基因組由一個(gè)只有30，000個(gè)字母長的核糖核酸鏈組成。排序是一種能讀懂這些字母的技術(shù)。
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