作為個性化醫(yī)療的一種方法，一項新的Nature Communications研究提出，DNA 修復的“突變足跡”是一種很有前途的預測遺傳標記，用于確定哪些腫瘤會對某些療法產(chǎn)生反應。
癌癥治療越來越依賴于個性化的方法，其中單個腫瘤的基因變化可用于確定最佳治療策略。迄今為止，在許多情況下，這些基因變化包括一種所謂的驅動突變，可以預測對藥物的反應。例如，黑色素瘤中 BRAF 基因的突變預測對 BRAF 抑制劑藥物的反應，而乳腺癌中 ERBB2 基因的擴增預測對 ERBB 抑制劑藥物的反應。
然而，這些成功的藥物標志物的例子仍然相當罕見。對于許多突變的驅動基因，沒有針對它們的特定藥物。此外，不同患者的腫瘤對藥物的反應表現(xiàn)出很高的變異性，而這種變異性通常與驅動基因突變無關。
由 ICREA 研究員兼基因組數(shù)據(jù)科學實驗室負責人 Fran Supek 博士領導的 IRB Barcelona 的研究人員發(fā)現(xiàn)，所謂的突變特征可以準確地預測應用于來自多種腫瘤的癌細胞的各種藥物的活性。這些突變特征并非源自驅動基因;相反，它們反映了在整個腫瘤基因組中發(fā)現(xiàn)的一系列突變。例如，突變特征可以反映腫瘤難以復制或修復 DNA，這可能使其更適合治療。
“我們使用機器學習方法進行了統(tǒng)計分析，同時考慮了癌細胞基因組、它們對各種藥物的反應以及它們對基因編輯實驗的反應。令人驚訝的是，我們的分析表明‘經(jīng)典’遺傳標記，如驅動基因突變或在預測藥物反應方面，拷貝數(shù)變化通常不如突變特征遺傳標記強大，”Supek 博士解釋說。
DNA修復缺陷使癌細胞更容易被許多藥物靶向
這項研究發(fā)現(xiàn)許多統(tǒng)計預測將觀察到的突變特征與對癌癥藥物的反應(或缺乏)聯(lián)系起來。以前已知，所謂的 BRCA 基因中的某種類型的缺陷(可導致乳腺癌、卵巢癌和前列腺癌)預示著對針對 BRCA 缺陷的藥物的反應。這種缺陷還會在某些類型的缺失(去除的 DNA)的基因組中留下突變特征，這可能表明腫瘤可以通過靶向 BRCA 缺陷的藥物治療。
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